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司设立了翰林医官院，专管医之政令和医疗事务，并有专管药政的机构“御药院”、“尚药局”，其中御药院保管国内外进献的珍贵药物，专为皇室贵族服务，而尚药局是为最高的药政机构，至于原来的太医局则专管医药教育。
北宋施行王安石变法之后，推行新政，按“市易法”设立了国家的药物贸易机构“官药局”，后改为“太平惠民局”，这是中国历史上最早的国家药局，也使药物管理纳入国家法制管理的范围，由国家控制药物贸易，实行专营，制止商人投机，对制药实行监管。“官药局”创办后，率先颁布了药物标准《太平惠民和剂局方》（简称“局方”），推行了成药，降低了药价，对人民的身体健康和疾病的救治、药物的贸易展等都产生了很大的作用。宋代还曾以法律形式规定了医生的职业道德及医疗事故的责任，凡利用医药诈取财物者，以匪盗论处；庸医误伤致人死命者，以法绳之；主管官员不恤下属病苦者，亦予惩处。
到了元代，蒙古人占统治地位的大元朝廷在设置御药院、典药局等管理机构为皇室贵族修制御用药物及和剂的同时，还设置有面向民间的药政机构，如“广惠司”、“广济提举司”、“大都惠民局”、“回回药物院”等等。
到了明初，朱重八先是设置了医学提举司，洪武三年（137o年）后又在太医院下设惠民药局、生药库，局库各有大使一人，副使一人。其职责为“凡药，辨其土宜，择其良楛（楛：恶也，劣也），慎其条制而用之。四方解纳药品，院官收储生药库，时其燥湿，礼部委官一员稽察之”
事实上明郑自跨海收复台湾之后就因为海岛苦疾、缺医少药而十分重视医疗的问题，不过在郑成功时期主要是以军医体系为主。到了郑经开拓台湾时代，随着入迁军民逐渐扎根以及人口滋长，简单的军医体系已经不能满足百姓的需要，因此，郑经便重设了太医院来主掌明郑的医疗。不过，正当明郑医疗制度日趋完善之际，西征大6打断了这一进程。此后，随着连绵的战事，太医院始终未能完善的运作起来，只是担负着为郑克臧及明郑高官显贵们的医疗等一小部分责任，而现在却是该到了纠正这一问题的时候了。
“邵掌院。”郑克臧交代着。“惠民药局重设已经刻不容缓，孤的意思，每个里坊都必须要有一处药局，每个药局都要配有两到三名医士。”
“主上抚恤百姓疾苦，臣下身感同受，只是东宁的药物不足，医师、医士也颇多匮乏。”白胡子的邵令初一个劲的叫苦着。“除非主上放归军中医士”
“如今鞑虏亡我之心不死，兵事大兴也是时常的事，所以放归军中医师一事断无可能。”郑克臧当即否决着，但他还是松开一线口子。“但若药局复设，可令军中医师、医士在无事闲暇至药局施诊。”邵令初的脸上一喜，却听郑克臧继续说道。“不过这并不是根本之计，孤以为太医院还要设立医学院，广招医徒，以备需时。”
“主上这是要效仿唐制？”邵令初先是点头后又摇头。“只怕缓不应急啊！”
“亡羊补牢未为晚也。”郑克臧倒是看到长远。“早些办起来也能早些见效。”这话一出，邵令初默然了，此时就听郑克臧许诺到。“若是医学院办起来，本藩便可以在各县设置医房、医官，其品第等同于县房主办。”
邵令初心中一动，当然他现在已经是正四品的太医院掌院，自然不会为区区六七品的医官心动，但他门下的徒子徒孙也有不少，不是所有人都有资格来太医院的，若是成为县房医官倒也是一个出路，于是他转变了态度。
“臣下明白，臣下稍后就安排下去，年内即可以把医学院办起来。”
见到邵令初改口，郑克臧满意的点点头，接下来话题就转到了药草的问题上：“至于药草有所匮乏也好解决，太医院需罗列明细，哪些东宁有出产，哪些需要海外进口，列完后呈上来，孤会安排通商司想办法。”
但这还不能立刻解决当前百姓治病的问题，所以郑克臧拿出一大杀招：“此外，太医院立刻抽出十名太医，军中也会安排十名医士，从即日起分赴各县下乡巡诊。”看着瞠目结舌的邵令初，郑克臧一字一顿斩金截铁的说到。“在惠民药局设立之前，这要成为体制！”