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文书干什么，柯南猜测里面八成放了手枪之类的武器。然而结果更令人震惊，里面所藏的尽是毒品。大家立即判断出，津川馆长在走私毒品。津川利用藏书的方式，将毒品一点点地拿出去销售，玉田先生就是发现了这些毒品而被津川馆长撞见灭口。
柯南建议先打电话报警，然后通知千钧上来保护好现场。然而一楼的电话都打不通了，柯南无奈，决定将千钧喊上来。侦探团集体反对，“反正迟早要报案，不如我们去把尸体找出来！”“是啊，这样我们的功劳就加倍了。”柯南急忙劝阻，发现几个家伙根本无视了。步美猜测尸体也藏在两列书之间，元太也是这个看法。光彦直接否决，那样很容易被发现，他认为应该是分尸后分块储存起来。柯南快要疯了，“笨蛋，那样的话肯定会流血，岂不是更容易被人发现！”
元太大怒，“那你说尸体在哪里？”柯南也不知道，“真拿你们没办法，图书馆一共有4层，一层层地找吧！先说好，如果1个小时后找不到，就通知千钧上来。”大家一起行动，第一层没找到，向楼上走，步美的鞋子掉了，只好留下来穿鞋，“真讨厌，走那么快，都不等我。”一个黑影拿着绳子悄悄接近，柯南回过头来招呼步美快点，“喂，步美你在干什么啊？谁让你穿那么麻烦的鞋子！”步美生气了，“你好坏，我就喜欢这样的鞋子。”
侦探团将所有的书都搬空了，也没在书架上找到尸体。柯南认为这个推理是错误的，光彦也觉得奇怪，可别的地方警察应该都找过了。步美发现一些带有把手的活动式书架，光彦上去演示了怎样摇动把手将书架移开，几个孩子依次上去将几个活动书架打开。而元太发现靠着墙的最后一个书架怎么也转不动，大家都过去帮忙，用力向外拉。好不容易打开后，大家都发现里面什么也没有，之所以移动困难的原因是爬在上面摇动把手的元太太重了。
光彦取笑元太应该减肥了，元太有些不好意思。步美笑问，“元太，你太胖了，到底体重多少啊？”元太摸着头，回答是40公斤，刚好是光彦的2倍。柯南暗道，“没工夫理你们了，忍耐忍耐，今天是最后一天了，等喝了那瓶酒就变成高中生了！”这时，步美提到自己才15公斤，再次提醒元太减肥，元太抱怨步美真啰嗦。柯南想起自己是18公斤，而今天白天电梯居然还超载的问题。
柯南立即明白过来，急忙向电梯处跑去，元太有些奇怪，带着大家跟在后面。柯南大叫，“我知道尸体在哪里了！”柯南跑到电梯机房将电梯改为手动式，然后将外门打开，大家一起向下看。柯南说出电梯超载有问题，光彦疑惑当时电梯里加上元太自己确实是8个人超载了啊。柯南苦笑解释，他们4个孩子加起来大约100公斤，相当于一个半大人的体重，加上馆长手中的箱子，也不过刚刚2个成年人体重，可当时除了他们以外电梯里只有4个成年人，电梯在相差一个人体重的情况下还是超载了。超载的这个人就挂在电梯的天花板上，大家果然发现了尸体。
孩子们发出惊恐叫声，神秘的死亡乘客正是玉田和男，是被勒死的。柯南做出一些基本判断后，决定马上通知千钧报警，孩子们惊恐地看着柯南的身后。在电梯顶上慢慢升上来的尸体，尸体下面的是脸色铁青面无表情的馆长，津川暗藏铁管，哄骗孩子们跟自己回家。柯南毫不留情地揭穿津川藏毒杀人的罪行，津川惊怒交加，“你是什么人？”柯南做出标准的姿势，“柯南，我是个侦探！”津川大怒，抡起铁管冲了上来，柯南从下落的电梯入口跳了进去，元太堪堪将其接住。津川开始四处追杀侦探团，孩子们惊惶失措的逃窜。
在外面车里无聊至极昏昏欲睡的千钧，终于接到了柯南求救信号。千钧立即带着七夕剑冲入了图书馆，并用手机通知了目暮警官。津川疯了一样寻找侦探团，很快就跟千钧发生了正面遭遇，一边倒的战斗很快就结束了。津川馆长的铁管被削成了数段，自己满脸惊惧地瘫倒在地上，全身的骨头好像都碎掉一样。孩子们听到动静，一起欢呼着冲出来，用馆长自己的绳子将津川牢牢地捆起来。
随后，目暮警官、高木警官带着人马火速赶到，弄清楚了事情的真相后，将津川秀治正式逮捕。目暮警官指挥手下，将死去2日的玉田和男弄上来，进行初步的检验。高木警官带着几个手下负责搬运所有的毒品，目暮警官生气斥责，“高木，你今天怎么指挥搜查的，这么多毒品，还有尸体，你居然什么都没找到！”高木不停地擦汗哈依道歉，然后迅速转移话题惊叹，“这么多毒品，他从哪里弄来的，足够把牢底坐穿了！”
目暮警官十分生气，对侦探团的冒险行动进行了严厉批评，连千钧都被骂得狗血喷头。几个孩子耷拉着脑袋表示知道了，以后不会再冒险进行这种危险的行动了。千钧保证下次有事情一定先通知警方再行动，目暮警官的脸色才好起来，不过目暮也没有报太大希望，因为这已经不是第一次了，只是希望他们以后注意安全而已。
千钧带侦探团前往旗本餐厅，开始正式法国大餐。由于已经相对比较晚，餐厅的客人并不多，旗本祥二还特意过来跟千钧打了招呼，二人聊一下最近彼此的状况。在这个时间还有一些客人，证明旗本餐厅非常受欢迎。饿昏头的孩子们也立即被祥二亲手做的美食吸引了，开始狼吞虎咽，千钧边吃边称赞侦探团的表现，孩子们大为开心，只有步美感觉柯南有些心不在焉，柯南只是将其当做最后的晚餐。
晚饭后，千钧跟旗本祥二结账道别，开车前往毛利侦探事务所。用柯南的话来讲，江户川柯南最后的事件就此落幕。路上几个孩子还处在兴奋状态，完全忘记了在图书馆被吓得魂飞魄散的亡命而逃的惨样，“好紧张，好刺激啊！”“邪不胜正嘛！”步美见柯南不说话，“下次再来一次吧！柯南！我们是少年侦探团！”柯南正在YY自己告别孩子身体后的幸福生活。光彦也道，“有我们侦探团在什么疑难案件都解决了！”元太大吼，“好耶，大家继续加油！”大家举着拳头大喊，柯南暗笑马上就要跟你们说再见了。
到了毛利事务所附近，柯南叮嘱千钧一会儿去阿笠博士那边会合，就跳下车挥手告别匆匆离去。步美有些失落，“柯南……他好像要去很远的地方再也不回来了。”元太和光彦觉得步美一定在瞎想。千钧暗道女人的直觉真可怕啊。在将三个孩子送回家后，千钧急忙直奔阿笠博士处。
柯南为了恢复真身，兴冲冲地跑回事务所，小五郎依然在桌上呼呼大睡。柯南大喜，找了椅子，从壁橱上拿到了被小兰藏起来的中国白干，如获至宝地笑着离开。小兰在整理房间，听到柯南回来的声音，从里面走出来，嘴里埋怨柯南怎么这么晚才回家，却发现他又跑不见了。
阿笠博士听完柯南兴奋的描述，有些难以置信。千钧总觉得事情没那么简单，柯南恼怒，“你们是不是我朋友，居然不相信我。我喝给你们看，仔细看清楚哦！”柯南拿起酒瓶直接对瓶吹，博士和千钧都吓了一大跳，那可是高度酒啊！柯南觉得有反应了，身体开始发热。然而1个小时后柯南有些醉了，可是身体没有发生变化，酒也被他喝掉一大半。
博士推测应该是新一的身体已经对这种酒产生抗体免疫了，“也就是说你再怎么喝也没用了。”柯南恼羞成怒，“少开开玩笑，我今天必须变回去，一定是喝得太少了，量不够！”柯南不顾博士和千钧的劝阻将整瓶白酒全部喝了下去，结果彻底醉倒了。博士只好打电话告诉小兰，柯南今晚住在这里不回去了。千钧见柯南没什么问题只是喝醉睡着了，也起身回家去了。
第二日上学路上，侦探团3人发现柯南脸色难看，走路摇摇晃晃的，步美他们都担心地询问柯南怎么了，是不是又感冒了？柯南苦笑自语，只是宿醉未醒而已。千钧也回到帝丹高中上课，新学期又开始了，所有人都还是老样子，基本上没用什么变化。只是同学们非常奇怪，工藤新一怎么又没来上学，好像都已经2个学期没出现了。千钧暗道，他想出现来着，结果失败了。
尾声，津川秀治因杀害玉田和男，贩卖大量毒品，被法庭加重判处50年徒刑。他要想熬到出狱，至少活到百岁才有希望了。少年侦探团因破获图书馆失踪案件，警视厅给以了B级奖励。一时间侦探团再次占据了报纸头版，出尽风头，几个孩子自然兴奋万分，只有文乃抱怨，有这么重要行动居然没有通知她。