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很快调查清楚，发现一具身首异处的尸体，还有一些灰烬。秘密调查局也有专门的现场分析高手，推断出另外一个敌人被大火彻底烧尽了。炸弹人员也发现地下曾经被装了大量的地雷炸弹。其他的情报也陆续传来，山本已经肯定这2个死者就是天化组织的超级战士。山本马上吩咐将那具尸体安全的带回去相信解剖检查，所有的资料都要保密。
很快，秘密调查局又找上了目暮，他们已经查出那些纵火案都跟这两个超级战士有关。目暮警官非常生气，山本一夫也让了一步，将情况简单进行了通报，“目暮警部，你不用再查了，这些纵火案都是那边现场的两个死者做的。你这里可以结案了，我们要查封这里，详细调查，拜托你将你们掌握的情况转交给我。”目暮这才明白事情的原委，只好答应，带着一群牢骚满腹的部下撤回警视厅。
第二天，天蒙蒙亮的时候，秘密调查局就找到了两名超级战士最近活动的所有线索，马上开始了调查追击。同时，暴龙和剑齿虎也得到了消息，知道巨兔袋狸、豚足袋狸出事了。他们也是刚刚开始大规模活动，就发生了这种事情，暴龙无奈，只好下令隐蔽撤退，不过，他怀疑组织内部出现了叛徒，将情报泄露出去。双方自然有一番激战，天化组织损伤了部分外围人员后成功转移。山本一夫也查到了两名超级战士的代号。于是，中午的时候，千钧就看到了报纸上发来的暗号，敌人是巨兔袋狸、豚足袋狸。
这天是小兰的空手道升段比赛，从中段到上段，她邀请了园子、静杨、直子、小雅等人去给她加油。小兰自言自语，一定要必胜。柯南看着起劲的小兰，头上都是汗。小兰让柯南在放学后去米花武道馆给自己加油，柯南笑着答应了。小兰警告柯南，“是4点钟，如果没来的话……”话音未落飞起一脚，踢到了柯南头顶上方的柱子上，柱子出现粉碎裂痕。柯南吓坏了，太厉害了，不过，他再次看到了小兰的内裤。
当日放学后，柯南打算马上赶去武道馆。结果在学校门口附近被侦探团4人组堵上了。光彦带来一个宽波段接收器，能接受半径一公里以内的电波。然后，侦探团用这个东西窃听无线电，里面传出来别人的声音。步美担心窃听是不道德的，光彦胡扯说只是听听没什么。柯南嘲笑真是不良的嗜好。元太提出窃听歌手安室奈美惠的电话，文乃觉得太恶心了。光彦却说不可能，因为安室没有住在窃听范围内，而且这个接收器只能随机接受附近正在通话的内容。
随后，大家在光彦的窃听器上听到了一段听上去像是绑架事件的对话。于是少年侦探团马上根据窃听器得来的消息，开始寻找犯人的所在。柯南想要逃跑去武道馆，却被文乃抓住，被大家批评了一顿。同时，武道馆，小兰正在准备出场。静杨她们几个都已经到位了，在下面给小兰加油。千钧为了讨好几个女友，厚着脸皮上来跑前跑后，大献殷勤，希望能得到静杨她们的谅解，但三女都不给他一点好脸色。
柯南他们得到了初步的线索，被绑架的女孩名叫顺子，绑匪在一个有卫星天线的高处，而绑匪在监视顺子的父亲。柯南取出了阿笠博士发明的笔记本电子地图，大概类似于gPs。柯南又根据电车的声音，计算出大概距离，缩小了排查的范围，大概在米花线周边，600米沿线范围。侦探团气喘吁吁赶到那里，柯南提到了另一个线索，所有的卫星天线通常朝向西南方，所以受害者的阳台是在西南方。
但是，侦探团发现附近的很多建筑都有卫星天线。柯南苦笑，现在的线索根本不够。很快，光彦再次窃听到电话。绑匪让顺子的父亲脱光衣服，向下面经过的女高中生挥手。于是，几个身穿水手服的漂亮高中女生看见了色狼在阳台的不雅举动，自然引起了一片咒骂声，虽然日本比较开放，但这种当街赤身的行为还是受到鄙视的。
柯南推理，案发地点在女高中生上学的必经之路，附近的女子高中有2所，柯南发愁不知道她们的校服是什么样子。清纯女子学园的校服是法兰西绒装（小兰、园子她们经常穿的那种），而米花女子高中是水手服（不是米花帝丹高中），步美和文乃早就打听明白，步美说高中时想穿水手服，文乃却说喜欢法兰西绒装。二人问柯南喜欢那种服饰，柯南汗，只好说，“2种都很漂亮，你们两个穿哪种都很衬！”元太说法兰西绒装，光彦说水手服啊。柯南苦笑，“太早了吧，才小学一年级，离上高中还有好多年啊！”
经过这样折腾，距离又缩小为半径300米之内。侦探团赶到附近后，没有找到男子。窃听器又传来声音，绑匪让男子唱歌。柯南却在歌声中听到了附近的杂音，是打桩机的声音。搜索范围再次缩小为半径150米之内。绑匪在电话里，提到了1年前的天台女孩坠楼事件，死去的女孩正是绑匪的女儿，绑匪的名字叫做富所。而赤身男子就是负责管理那栋楼的管理员，他声称那是意外。富所却查清楚了，案发当日，男子忘记修好楼顶上天台的门，导致富所的女儿上去玩耍发生了意外。富所恼羞成怒，因此绑架了顺子报复。
柯南再次利用电车声音和车速，计算出距离，大家找到了光身男子。柯南立即呼叫千钧过来帮忙，他也要马上去找绑匪的位置。千钧此时，正在低声下气讨好静杨她们，还特意去给女孩们买了饮料。听到柯南的呼叫，不得不告辞离开，自然让小雅她们更为生气，觉得他一点诚意都没有。千钧也是火大，“这个该死的柯南，为什么天天碰到案子，又把我拖进去了。”
富所很快威胁男子拿菜刀自戕，情况万分危急。顺子在电话里哭叫，提到附近有难闻的胶味。柯南立即断定，顺子在轮胎工场附近的一座挂有旗帜的大楼上，因为只有那里是顺风。他让千钧无论如何都要赶到。千钧头疼，真是麻烦，看来不得不使出全力了。侦探团也跑过去，富所正在做最后的威逼，千钧终于到了，随手掷出从附近捡到的一个轮胎，将富所砸到在地，无法动弹。
千钧将顺子救出来，发现顺子也是个可爱漂亮的小女孩。侦探团也气喘吁吁跑上来，柯南急忙拿起电话通知了顺子的父亲，结束了这场闹剧。唯一让光彦难过的是，接收器被柯南不小心从楼上掉下去摔坏了。千钧严厉批评了侦探团的窃听行为，“这是违法的，知道吗？只有警察和国家的特殊部门才有这种权力。”侦探团只好答应以后再也不做这种事情了。
接到报警，高木警官和千叶警官带队赶到，很快将绑匪带回警局，同样也批评了侦探团的窃听行为。事件解决后，柯南才想起来小兰的事情，急忙让千钧带他赶往会场。千钧也很着急，静杨肯定快气疯了，自己本来答应陪她们一起看比赛的，自己中场离开，缓和关系的行动又失败了。
二人匆忙赶到后，比赛已经结束了。柯南听观众们说了小兰如何的厉害，他就在小兰面前说自己来了，照着观众的话说小兰决赛时候的后侧踢多么威风。实际上小兰的决赛对手受伤弃权了，柯南说的那个是半决赛。柯南没有遵守诺言，恼怒的小兰决定教训柯南，柯南亡命而逃……
同样，千钧也被静杨、小雅、直子联合围剿，自然被扁得鼻青脸肿。事后，千钧厚着脸皮，请她们三个上车，一起去中国餐馆吃大餐。直子见千钧如此委曲求全，心先软了，就答应了去吃饭。静杨和小雅姐妹也只好一起去，但强调了一点，“冷战还没结束，这只是开场对话，我们还要考察你今后的表现。”千钧不住地赌咒发誓，以后再也不会去招惹别的女人了。总的来说，吃过饭后，大家的关系缓和了不少，至少开始有了交流，不再像之前那样不说话。
尾声，富所先生绑架顺子，威逼顺子的父亲自杀，但没有酿成惨剧，法庭判处富所1年徒刑。侦探团破获该起绑架案，警视厅给以c级奖励。侦探团的孩子们自然兴高采烈，要求千钧带他们去吃一顿法国大餐以示庆祝，千钧苦笑，“我就知道会是这样的结果。”