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犯愁，没想到峰回路转，劫匪就这样落网了。少年侦探团的钟乳洞探险记也宣告结束。
事后，劫匪甲乙丙持枪抢劫银行巨额款项，杀死同伙丁，谋杀侦探团，重伤柯南，加上其他罪名，被法庭加重判处了40年徒刑，今生能够从监牢里走出来，几乎是梦想了。少年侦探团机缘巧合，破获了该起案件，警视厅给以B级奖励。千钧擒获三个劫匪，同样得到了B级奖励。这件大案的破获，目暮警官等人也受到了上层的嘉奖，松本警视非常高兴。
洞口，步美搂住文乃放声大哭，阿笠博士也在安慰擦伤的元太。阿笠博士他们报警后，就打听到了这个出口，一直在这里守株待兔，目暮警官等人也是刚刚赶到。那位告诉博士出口的当地老者讲，那个神秘的暗号，是很久以前就流传下来的，至于是谁想到的，就不得而知了。在警方处理善后事情，搜寻枪弹证物的时候，千钧等人送柯南前往米花综合医院进行急救。新庄彩依就在这家医院上班，柯南被送到后，马上由外科医生接手。
彩依打电话通知了毛利，告知柯南要马上手术。元太大腿的擦伤并不要紧，彩依给他进行了包扎，大概第二天就会没事，站立行动都不影响。毛利和小兰急忙赶到医院，小五郎很吃惊，“难道不是像元太这样，普通的小伤吗？”阿笠博士有些支吾，“其实，这个……”灰原直接道，“他中的是枪伤。”千钧道，“中弹的部位是腹部的左侧，不过子弹并没有留在身体里。”彩依道，“可是柯南那个孩子大出血，很有可能伤到了肾脏。总之，状态很危险。”
千钧腹诽，“医院的医生都喜欢先把病情说的很严重，让患者和家属乖乖配合。”手术的手续，千钧已经办完了。医护人员推着柯南过来，准备进手术室。小兰跟在手术车旁边，焦急万分，语音发颤，“柯南，你撑着点，再忍耐一下就好了！”步美和文乃也陪在推车旁边，非常担心，“振作点，柯南！”柯南被推入了手术室。大家只好都等在外面。这时，静杨、小雅、直子三女也一起赶到了医院，“妈妈，柯南怎么样了？”“小兰，不要太担心啊！”“千钧，到底怎么回事啊？”
千钧正要解释，一个护士突然跑出来，“彩依医生，不好了，之前那名患者动手术的时候，早已用掉了跟那名男孩同样血型的备用血。目前血库没有同型的血。”彩依大惊，“你说什么？现在就算从血液中心调血也来不及了！”小兰立即道，“那个，请用我的血吧！因为我跟这个孩子是同一个血型。”大家都是一愣，“唔？”博士惊叫，“什么？”毛利问道，“小兰，你怎么知道的？”
小兰没有答话，“当然，为了以防万一，还是请检查一下吧！”彩依道，“好，小兰，你马上跟我到采血室。”小兰答应，急忙跟彩依离去。柯南听到了模糊的声音，叫苦不迭，“果然，她……”千钧摇头，“这么长的时间了，小兰要一点也没察觉到，那才奇怪了。”静杨道，“我们大家也过去吧，如果谁的血型一样，就给柯南捐血吧！”大家一致响应。只有千钧丝毫没有给柯南捐血的打算，因为他的血液看上去跟普通的人没什么不同，但实际上，有着细微的本质差别，乱输血不知道会发生什么事情。
采血后，手术进行中，大家都等在手术室外。静杨、直子、小雅都在安慰小兰。千钧买了些饮料和食物，分给大家。孩子们都饿坏了，毛利等人也不例外。灰原道，“你们不是死党吗？我看你一点也紧张，你还真是没心没肺的。”千钧很笃定，“放心了，死不了的。正因为我们是死党，我才知道的。”小兰还在担心，“新一……”千钧苦笑，“看这样子，柯南的身份彻底暴露了啊！”手术很成功，结束后，医生将柯南送到病房，大家都松了口气。
等柯南睁开眼睛，发现天已经亮了，窗外还有小鸟在鸣叫，病床旁还吊着输液瓶，“看样子我没死呢！”柯南坐起来，伤口还在发痛，“我这条命还真够硬的。哦，小兰……”小兰就趴在床前，睡着了，身上披着毛利的西服。毛利打着哈欠走进来，“你可要感谢小兰啊！她不但输了400cc的血给你，昨晚还在医院照顾了你一夜。真是的，幸好碰上小兰跟你是同一种血型，算你命大。你要是特殊血型的话，医院血液又不足，你现在早向阎王报到了。”
柯南昨天也听到了小兰的声音，“不，这绝对不是巧合。小兰非常的肯定，我的血型，我的真实身份……”毛利有些不爽，“喂，你从小兰那里输了那么多血，要是不快点好起来，有你好受的！”柯南只好嗯了一声。
在柯南住院期间，除了少年侦探团和帝丹小学的同学、老师来医院看望柯南外，其他认识的朋友来了不少。花井和晓月，文良和云灵、藤森和浅井成实，学姐内田麻美，推理小说家新名香保里，占卜师长良春香，浦思青兰和香坂夏美、梅琴和灰原，旗本夏江夫妇和橘真夜，青岛姐妹、冈谷典子和小宫山祐子，蟒蛇片桐和泽木叶子等很多熟悉的人，都带着礼物来医院看望柯南，还有些朋友在外地或抽不开身，也都打电话来，表示慰问。
高木和千叶，佐藤和由美也来了几次，除了看望柯南，也做了劫匪案件的笔录。就连好长时间没有见过的谷晶子和三上铃、伊东惠都打来了电话关心柯南。就这样在每天大家的探望中和电话骚扰中，过去了十天，柯南的伤病也好的差不多了。